Ci sono 2 metodi possibili:
1.) Da Windows/Dos boot disk:
fdisk /mbr
fixboot
fixmbr
dipende dalla versione del disco di boot (w98 w2000 wxp)
2.) La linux boot disk
dd if=/dev/null of=/dev/sdX bs=446 count=1
oppure
ATTENZIONE: il seguente comando elimina ANCHE la TABELLA DELLE PARTIZIONI!!!
dd if=/dev/null of=/dev/sdX bs=512 count=1